Sau khi Htin Kyaw từ chức Tổng thống Myanmar, Win Myint từ chức Chủ tịch Hạ viện Myanmar ngày 21 tháng 3 năm 2018, một động thái được nhiều người xem như một sự chuẩn bị bởi Liên minh Quốc gia vì Dân chủ đối với Win Myint được đề xuất làm ứng cử viên cho chức Tổng thống. Ông được kế nhiệm trong vai trò Chủ tịch Hạ viện bởi cấp phó của mình T Khun Myat.[10] Hạ viện Myanmar phê chuẩn cuộc tuyển cử Win Myint với tư cách là người được đề cử của Hạ viện cho vị trí Phó Tổng thống Myanmar vào ngày 23 tháng 3 năm 2018, mở đường cho Win Myint bước vào quá trình bầu cử cho vị trí Tổng thống Myanmar tiếp theo. Ông đánh bại ứng cử viên Thaung Aye của Đảng Liên minh Đoàn kết và Phát triển với 273 phiếu bầu trong khi ứng cử viên Thaung Aye chỉ nhận được 27 phiếu bầu, qua đó Win Myint đã đắc cử Phó Tổng thống Myanmar.[11]

Win Myint được bầu làm Tổng thống thứ 10 của Myanmar bởi Quốc hội Liên bang Myanmar (một cuộc họp kết hợp hai viện của cơ quan lập pháp quốc gia) vào ngày 28 tháng 3 năm 2018, với 403 trong số 636 nhà lập pháp bỏ phiếu cho ông.[12]

Ngày 17 tháng 4 năm 2018, Win Myint đã ân xá cho 8.500 tù nhân, trong đó có 51 người nước ngoài và 36 tù nhân chính trị.[13]